MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Haemophilus parasuis SH0165 chromosome

Total Repeats: 44749

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011852	TCGTA	2	10	43	52	20 %	40 %	20 %	20 %	219870280
2	NC_011852	GCA	2	6	59	64	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870280
3	NC_011852	TGA	2	6	73	78	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870280
4	NC_011852	AGT	2	6	85	90	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870280
5	NC_011852	AT	3	6	127	132	50 %	50 %	0 %	0 %	219870280
6	NC_011852	A	6	6	344	349	100 %	0 %	0 %	0 %	219870280
7	NC_011852	CTT	2	6	444	449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870280
8	NC_011852	ACA	2	6	452	457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870280
9	NC_011852	CAC	2	6	468	473	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	219870280
10	NC_011852	AAG	2	6	507	512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870280
11	NC_011852	CAA	2	6	534	539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870280
12	NC_011852	A	6	6	549	554	100 %	0 %	0 %	0 %	219870280
13	NC_011852	GGT	2	6	587	592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870280
14	NC_011852	GTG	2	6	594	599	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870280
15	NC_011852	CAT	2	6	610	615	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870280
16	NC_011852	TGT	2	6	718	723	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870280
17	NC_011852	A	6	6	770	775	100 %	0 %	0 %	0 %	219870280
18	NC_011852	GCA	2	6	788	793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870280
19	NC_011852	AGT	2	6	850	855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870280
20	NC_011852	GATGCA	2	12	896	907	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	219870280
21	NC_011852	CAAA	2	8	972	979	75 %	0 %	0 %	25 %	219870280
22	NC_011852	AT	3	6	1048	1053	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011852	T	6	6	1069	1074	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011852	AGT	2	6	1097	1102	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011852	ATA	2	6	1105	1110	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011852	ATT	2	6	1128	1133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011852	GTT	2	6	1145	1150	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011852	TAA	2	6	1215	1220	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011852	ATT	3	9	1227	1235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_011852	ACA	2	6	1285	1290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_011852	AAT	2	6	1378	1383	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011852	T	6	6	1386	1391	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011852	A	6	6	1401	1406	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011852	TTC	2	6	1445	1450	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_011852	TAA	2	6	1564	1569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011852	AAT	2	6	1589	1594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_011852	TTTAA	2	10	1666	1675	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011852	T	6	6	1703	1708	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011852	A	6	6	1712	1717	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011852	TATT	2	8	1741	1748	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011852	TCC	2	6	1751	1756	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_011852	AAT	2	6	1764	1769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011852	AAGT	2	8	1790	1797	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011852	AT	3	6	1803	1808	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011852	T	6	6	1817	1822	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011852	AAT	2	6	1831	1836	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011852	ATT	2	6	1857	1862	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011852	CTT	2	6	1881	1886	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_011852	TAA	2	6	1906	1911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_011852	AAT	2	6	1928	1933	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_011852	ATT	2	6	1988	1993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
52	NC_011852	A	6	6	2017	2022	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
53	NC_011852	TTG	2	6	2052	2057	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870281
54	NC_011852	T	6	6	2112	2117	0 %	100 %	0 %	0 %	219870281
55	NC_011852	ATC	2	6	2140	2145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870281
56	NC_011852	GTGAT	2	10	2178	2187	20 %	40 %	40 %	0 %	219870281
57	NC_011852	ATA	2	6	2223	2228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
58	NC_011852	TC	3	6	2253	2258	0 %	50 %	0 %	50 %	219870281
59	NC_011852	AGA	2	6	2349	2354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
60	NC_011852	ATG	2	6	2412	2417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
61	NC_011852	GAT	2	6	2425	2430	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
62	NC_011852	TTC	2	6	2476	2481	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870281
63	NC_011852	TCC	2	6	2512	2517	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	219870281
64	NC_011852	GCTTA	2	10	2547	2556	20 %	40 %	20 %	20 %	219870281
65	NC_011852	CGG	2	6	2622	2627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	219870281
66	NC_011852	ATT	2	6	2630	2635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
67	NC_011852	AAC	2	6	2713	2718	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870281
68	NC_011852	GTC	2	6	2741	2746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870281
69	NC_011852	TAA	2	6	2767	2772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
70	NC_011852	A	6	6	2787	2792	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
71	NC_011852	A	6	6	2855	2860	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
72	NC_011852	AAT	2	6	2888	2893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
73	NC_011852	AAT	2	6	2915	2920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
74	NC_011852	TGG	2	6	2964	2969	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
75	NC_011852	ATT	2	6	3011	3016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
76	NC_011852	CGT	2	6	3035	3040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870281
77	NC_011852	AGC	2	6	3238	3243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870281
78	NC_011852	AGA	2	6	3265	3270	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
79	NC_011852	ATT	2	6	3306	3311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
80	NC_011852	A	6	6	3378	3383	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
81	NC_011852	ATT	2	6	3403	3408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
82	NC_011852	TTA	2	6	3425	3430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
83	NC_011852	A	6	6	3483	3488	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
84	NC_011852	AGA	2	6	3553	3558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
85	NC_011852	AAG	2	6	3570	3575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
86	NC_011852	CGT	2	6	3644	3649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870281
87	NC_011852	GGT	2	6	3650	3655	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
88	NC_011852	GAT	2	6	3686	3691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
89	NC_011852	ATT	2	6	3703	3708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
90	NC_011852	GTG	2	6	3798	3803	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
91	NC_011852	TTC	2	6	3828	3833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870281
92	NC_011852	TTC	2	6	3870	3875	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870281
93	NC_011852	ATTT	2	8	3907	3914	25 %	75 %	0 %	0 %	219870281
94	NC_011852	A	6	6	3941	3946	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
95	NC_011852	TGA	2	6	4012	4017	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
96	NC_011852	TGT	2	6	4059	4064	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870281
97	NC_011852	CAA	2	6	4155	4160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870281
98	NC_011852	GAT	2	6	4175	4180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
99	NC_011852	GAA	2	6	4184	4189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
100	NC_011852	GAA	2	6	4214	4219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
101	NC_011852	GAA	2	6	4223	4228	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
102	NC_011852	TTAAC	2	10	4239	4248	40 %	40 %	0 %	20 %	219870281
103	NC_011852	CAA	2	6	4365	4370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870281
104	NC_011852	GGT	2	6	4375	4380	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
105	NC_011852	TGAA	2	8	4392	4399	50 %	25 %	25 %	0 %	219870281
106	NC_011852	GCA	2	6	4418	4423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870281
107	NC_011852	GAA	2	6	4433	4438	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
108	NC_011852	GTAC	2	8	4478	4485	25 %	25 %	25 %	25 %	219870281
109	NC_011852	TAT	2	6	4534	4539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
110	NC_011852	AGA	2	6	4549	4554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
111	NC_011852	TGT	2	6	4561	4566	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870281
112	NC_011852	GAC	2	6	4595	4600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870281
113	NC_011852	GAA	2	6	4622	4627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
114	NC_011852	TTA	2	6	4635	4640	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011852	TAG	2	6	4709	4714	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011852	T	6	6	4771	4776	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011852	A	6	6	4788	4793	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_011852	GAAA	2	8	4832	4839	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_011852	AAT	2	6	4840	4845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011852	TTTC	2	8	4879	4886	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_011852	AAAC	2	8	4935	4942	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
122	NC_011852	TCA	2	6	4968	4973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_011852	TAT	2	6	4991	4996	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011852	ATG	2	6	5052	5057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011852	T	6	6	5080	5085	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011852	TAA	2	6	5102	5107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011852	AAT	2	6	5116	5121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011852	CTA	2	6	5140	5145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_011852	CA	3	6	5218	5223	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_011852	CTC	2	6	5234	5239	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131	NC_011852	CAG	2	6	5417	5422	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_011852	AGA	2	6	5496	5501	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011852	TTG	2	6	5509	5514	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011852	GCT	2	6	5764	5769	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_011852	CAG	2	6	5855	5860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_011852	CAC	2	6	5877	5882	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_011852	GCT	2	6	5971	5976	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_011852	GCC	2	6	6028	6033	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
139	NC_011852	CAT	2	6	6050	6055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_011852	TGG	2	6	6116	6121	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_011852	CGT	2	6	6122	6127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_011852	CT	3	6	6458	6463	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_011852	CTG	2	6	6521	6526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_011852	CAG	2	6	6566	6571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_011852	CTG	2	6	6575	6580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_011852	CTG	2	6	6620	6625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_011852	CTG	2	6	6701	6706	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_011852	CTG	2	6	6737	6742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_011852	CTG	2	6	6773	6778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_011852	CAG	2	6	6818	6823	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_011852	CTG	2	6	6827	6832	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_011852	CTA	2	6	6881	6886	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_011852	CAG	2	6	6890	6895	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_011852	CTG	2	6	6899	6904	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_011852	TC	3	6	6965	6970	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
156	NC_011852	CTG	2	6	6988	6993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_011852	TTAA	2	8	7042	7049	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_011852	ACC	2	6	8770	8775	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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281	NC_011852	ATA	2	6	13528	13533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870287
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297	NC_011852	TGA	2	6	14107	14112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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390	NC_011852	TA	3	6	19992	19997	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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393	NC_011852	TTAA	2	8	20063	20070	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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395	NC_011852	GT	3	6	20088	20093	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
396	NC_011852	GAT	2	6	20111	20116	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
397	NC_011852	ATA	2	6	20227	20232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870293
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403	NC_011852	AT	3	6	20456	20461	50 %	50 %	0 %	0 %	219870293
404	NC_011852	T	6	6	20472	20477	0 %	100 %	0 %	0 %	219870293
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